Il Museo, fondato negli anni ’50 con l’avvio degli scavi archeologici, è andato via via ampliandosi con il progredire delle ricerche e con il graduale recupero degli edifici di età medievale e moderna. Oggi il Museo risulta costituito da cinque padiglioni: la sezione di archeologia preistorica, la sezione delle isole minori, la sezione di archeologia classica, il padiglione epigrafico, la sezione di vulcanologia e la sezione di biogeografia.